Wappen von Altösterreich
Das altösterreichische Wappen, das auf den Gewölbeschlusssteinen in und vor der Universitätskapelle angehängt ist, zeigt fünf goldene, steigende Adler auf schwarzem Grund.
Wappen Appolonia von Reischach
Der Wappenschild der ersten Frau von Sebastian von Blumeneck, Appolonia von Reischach, findet sich auf dem Gewölbeschlussstein sowie im linken Glasfenster in der Blumeneck-Kapelle. Der silberne Schild zeigt einen schwarzen Eberkopf mit goldener Mähne.
Wappen Beatrix Bettschold
Auf dem Wappenschild von Beatrix Bettschold, der zweiten Ehefrau Sebastian von Blumenecks, der im linken Glasfenster der Blumeneck-Kapelle präsentiert wird, sind drei goldene, nach rechts gewandte Hirschköpfe auf blauem Grund dargestellt.
Der bettscholdsche Wappenschild ist zudem auf dem Gewölbeschlussstein in der Kapelle angehängt, wobei die drei goldenen Hirsche hier nach links gewandt sind.
Blumeneck-Wappen
Das Wappen der Familie von Blumeneck, das auf dem Gewölbeschlussstein vor der Blumeneck- Kapelle präsentiert wird, setzt sich aus einem von Rot und Feh (Pelzwerk) horizontal in fünf Plätze geteilten Wappenschild zusammen, der von einem Spangenhelm, einer roten Helmdecke sowie einer Mitra mit zwei Pfauenstößen geziert wird.
Wappen von König Ferdinand I.
Das rechte Glasgemälde in der Südlichen Kaiserkapelle präsentiert den vielteiligen Wappenschild von König Ferdinand I. Das bekrönte Königswappen zeigt die Wappen der verschiedenen Herrschaftsgebiete Ferdinands und ist umgeben von der Kette des Ordens vom Goldenen Vlies.
Freiburger Wappen
Das Freiburger Stadtwappen, das das rote Georgskreuz auf weißem Grund trägt, ist in den Chorkapellen mehrfach dargestellt und ist u.a. auf dem Gewölbeschlussstein im Chorumgang vor der Universitätskapelle angehängt.
Wappen des habsburgischen Herrscherhauses
Das vielteilige Wappen des habsburgischen Herrscherhauses zeigt im oberen linken Viertel zunächst die spanischen Königreiche des Hauses Habsburg: Kastilien (Turm), Aragon (Pfähle), Aragon-Sizilien (Pfähle und zwei Adler) sowie Leon (Löwe auf Silber). Im oberen rechten Viertel werden Österreich (Bindenschild), Neuburgund (goldene Königslilien auf Blau), Altburgund (goldblaue Schrägbalken) und Flandern (Löwe auf Gold) dargestellt. Diese Wappen wiederholen sich im dritten und vierten Viertel darunter. Im Herzschild sind auf goldenem Grund der Flandrische Löwe und auf Silber der rote Tiroler Adler zu sehen. Eingefasst ist der Schild von der Kette des Ordens vom Goldenen Vlies. Über dem Wappenschild wird eine Königskrone präsentiert.
Wappen von Kaiser Karl V. (Wappen des "Heiligen Römischen Reichs")
Der Wappenschild des Heiligen Römischen Reichs ist im linken Glasfenster der Südlichen Kaiserkapelle neben der Abbildung von Kaiser Karl V. zu sehen. Das Reichswappen präsentiert den schwarzen durch die Kaiserkrone bekrönten Doppeladler auf Gold. Der mittig platzierte Herzschild des Wappens stellt 13 weitere Wappenbilder der Herrschaftsgebiete dar. Eingefasst ist das Wappen durch die Kette des Ordens vom Goldenen Vlies.
Kaiserwappen
In den Gitter-Baldachinen der Südlichen und Nördlichen Kaiserkapelle präsentieren je zwei stehende Greifen das Kaiserwappen. Der Schild zeigt die Wappenbilder der kaiserlichen Herrschaftsgebiete. Mittig im Herzschild sind das Hauswappen und das Wappen Altburgunds dargestellt. Umkreist wird das Kaiserwappen durch die Kette des Ordens vom Goldenen Vlies. Auf dem Schild ruht die Kaiserkrone.
Krozingen Wappen
Das im Glasfenster der Lichtenfels-Krozingen-Kapelle präsentierte Wappen der Familie von Krozingen zeigt den silbernen Wappenschild mit schwarzem Rad. Auf dem Schild ruhen gold-silberner Spangenhelm, eine silberne Helmdecke und als Helmzier erneut ein schwarzes Rad.
Lichtenfels-Wappen
Auf dem Gewölbeschlussstein in der Lichtenfels-Krozingen-Kapelle ist das Wappen der Familie von Lichtenfels dargestellt. Der schwarze Wappenschild zeigt ein goldenes Beil und einen ebenfalls goldenen Flügel. Den auf dem Schild ruhenden Spangenhelm umgeben goldene und schwarze Helmdecken. Geziert wird das Wappen von einer Krone und zwei sich umwindenden silbernen Schwanenhälsen mit goldenen Schnäbeln.
Locherer-Wappen
Der Wappenschild der Familie Locherer, eine Muschel auf drei gekreuzten, goldenen Pilgerstäben auf rotem Grund, ist an den Gewölbeschlusssteinen in der Locherer-Kapelle sowie im Chorumgang angehängt und zudem im rechten sowie linken Fenster der Kapelle dargestellt.
Schnewlin-Wappen
Das Schnewlinsche Wappen, das auf dem Gewölbeschlussstein in der Schnewlin-Kapelle zu sehen ist, zeigt ein horizontal in Gold und Grün geteiltes Wappenschild, auf dem ein goldener Spangenhelm ruht. Darüber liegen goldene und grüne Helmdecken sowie eine Mitra mit eingestecktem Pfauenstoß. Das Wappen Johannes Schnewlins wird zudem in der rechten Hälfte des rechten Glasfensters in der Kapelle gezeigt. Eine weitere Darstellung des Schnewlinschen Wappenschilds findet sich in der linken Hälfte des linken Glasfensters der Kapelle, wo es die gemalten Fenster zweifach ziert.
Schrag-Wappen
Im linken Glasfenster in der Suter-Kapelle sowie auf dem Gewölbeschlussstein vor der Kapelle ist der Wappenschild der Freiburger Familie Schrag zu sehen. Der rote Schild trägt einen silbernen Balken, der mit drei goldenen Sternen besetzt ist. Umgeben wird der Balken von drei grünen Lindenblättern.
Stürtzel-Wappen
Das Stürtzelsche Familienwappen auf dem Gewölbeschlussstein im Chorumgang und im Glasfenster in der Stürtzel-Kapelle zeigt einen roten Wappenschild, der einen silbernem Greifen trägt. Die Vorderklauen sowie der Schnabel des nach links gewandten Greifen sind golden koloriert, die Zunge ist rot, sein Kopf bekrönt. Über dem Schild befindet sich ein bekrönter Spangenhelm sowie silberne und rote Helmdecken. Darüber erhebt sich der Rumpf eines zweiten, ebenfalls nach links gewandten und bekrönten Greifen.
In der Stürtzel-Kapelle präsentiert ein zweiter Gewölbeschlussstein erneut das Wappen der Familie Stürtzel, wobei die Greifen sowie die Helmdecke hier nicht silbern, sondern schwarz sind und die beiden Greifen nach rechts gewandt sind.
Suter-Wappen
Der blaue Wappenschild der Familie Suter setzt sich aus einem goldenen Kreuz mit Doppelbalken sowie einer goldenen Hausmarke zusammen und ist auf dem Gewölbeschlussstein in der Suter- Kapelle und in den Glasfenstern der Kapelle zu sehen.
Villinger-Wappen
Ein nach rechts gewandter, golden gekrönter Löwe auf rotem Grund ziert den Wappenschild von Jacob Villinger und wird auf dem Gewölbeschlussstein wie auch im rechten Glasfenster der Villinger/Böcklin- Kapelle präsentiert.
Adler-Wappen
Der Wappenschild Ursula Adlers befindet sich, wie auch der Schild ihres Mannes, Jacob Villinger, in den Glasfenstern und auf den Gewölbeschlusssteinen der Villinger/Böcklin-Kapelle. Auf dem Adlerschen Familienwappen ist auf einem horizontal in Gold und Rot geteilten Schild ein aufsteigender schwarzer Adler dargestellt.
Kirser-Wappen
Auf dem rechten Sockelstein der Suter-Kapelle ist auf der linken Seite der Wappenschild von Apollinar Kirser dargestellt. Er zeigt drei horizontal aufgereihte Kirschen über einem Sparren.
Heimhofer-Wappen
Der Wappenschild Jakob Heimhofers, der sich vor der Darstellung seiner Person im Glasfenster der Heimhofer-Kapelle befindet, zeigt ein steigendes, weißes Pferd mit Zaumzeug auf rotem Grund.
Wappenbilder der Leidenswerkzeuge Christi
Auf dem Kapellengitter der Heimhofer-Kapelle sind sieben kleine Wappenschilder aus Blech mit den Passionswerkzeugen Christi angebracht. Die Wappenbilder (von links nach rechts) zeigen (1) eine Leiter mit Tuch und Beutel sowie einen Kopf, (2) die Dornenkrone mit zwei gekreuzten Stäben, (3) Spielwürfel und das Gewand Christi, (4) die drei Kreuznägel, einen Schwamm an einem Rohr und eine Hellebarde, (5) ein Rutenbündel, eine dreischwänzige Peitsche und das Spottzepter(?), (6) das Schweißtuch der Veronika und (7) einen Hammer, die Geißelsäule sowie eine Zange.
Perleb-Wappen
Das Wappen des Universitätsprofessors Karl Julius Perleb, das in einem der Glasfenster der Universitätskapelle dargestellt ist, zeigt im grünen Wappenschild einen aufsteigenden, goldenen Bären. Auf dem Schild ruht ein Spangenhelm, der umgeben von goldenen und grünen Helmdecken von einem aufgerichteten goldenen Löwen mit ausgeschlagener Zunge geziert wird.
Streit-Wappen
Auf der Grabplatte von Jakob Streit befindet sich eine Darstellung seines Familienwappens, das zwei Wappenschilder vereint. Der rechte Schild trägt einen Zentauren. Die Darstellung auf dem linken Wappenschild ist aufgrund der starken Abnutzung nicht mehr zu erkennen. Geschmückt werden die zwei Wappen von einem gekrönten Greifen, umgeben sind sie von vier weiteren Wappenschildern, darunter der der Locherer-Familie (rechts unten) sowie einem Inschriftenband.
Freiburger Universitätskapelle
Das Freiburger Universitätssiegel ist im oberen linken Glasfenster der Universitätskapelle zu sehen. Es zeigt mittig den lehrenden Christus, der in einer gotischen Architektur thront und von drei Schriftgelehrten umgeben ist. Im unteren Teil des Siegels befinden sich die Wappen des Erzherzogtums Österreich (blauer Schild mit fünf goldenen Adlern), des Hauses Österreich-Habsburg (ein roter Schild mit weißer Querbinde) sowie das Freiburger Stadtwappen (das Georgskreuz auf weißem Grund). Gerahmt wird das Siegel von der Umschrift: „sigillum universitatis studii friburgensis brisgaudie“.
Sumerau-Wappen
Das Wappen der von Sumerau ist in der linken unteren Bildecke des Tafelbildes mit der Darstellung der „Büßenden Maria Magdalena“ zu finden. Neben dem unbekannten rechten Wappen, dessen Schild durch einen weißen Zickzackbalken (drei Zacken oben) in Rot (oben) und Schwarz (unten) geteilt ist, findet sich links das Wappen der von Sumerau. Der goldene Schild trägt ein von links nach rechts im Kreis gebogenes schwarzes Hirschgeweih mit fünf Enden. Den auf dem Wappenschild ruhenden Spangenhelm umgeben schwarze und weiße Helmdecken, geziert wird er von einem weißen Hundekopf mit Stachelhalsband und ausgeschlagener roter Zunge.
Tegginger Wappen
Der in Blech geschnittene vertikal zweigeteilte Wappenschild des Weihbischofs Markus Tegginger, der im Kapellengitter der Schnewlin-Kapelle angebracht ist, zeigt im unteren Teil zwei Türme auf rotem Grund. Darüber, im oberen Teil des Schilds, sind zwei gekreuzte silberne Schlüssel auf Weiß dargestellt.
Wappen von Kaiser Maximilian I.
Das Reichswappen von Kaiser Maximilian I. ist im linken Glasfenster der Nördlichen Kaiserkapelle sowie auf dem Gewölbeschlussstein in der Kapelle zu finden. Der goldene Schild zeigt den nimbierten, schwarzen Doppeladler des „Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation“, der durch die Kaiserkrone bekrönt wird. Der mittig platzierte Herzschild des Wappens ist horizontal zweigeteilt und präsentiert links das österreichische Wappen (Bindenschild), rechts das Wappen Altburgunds (goldblaue Schrägbalken). Eingefasst ist das Wappen durch die Kette des Ordens vom Goldenen Vlies.
Wappen von Philipp I.
Das Reichswappen von Kaiser Maximilian I. ist im linken Glasfenster der Nördlichen Kaiserkapelle sowie auf dem Gewölbeschlussstein in der Kapelle zu finden. Der goldene Schild zeigt den nimbierten, schwarzen Doppeladler des „Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation“, der durch die Kaiserkrone bekrönt wird. Der mittig platzierte Herzschild des Wappens ist horizontal zweigeteilt und präsentiert links das österreichische Wappen (Bindenschild), rechts das Wappen Altburgunds (goldblaue Schrägbalken). Eingefasst ist das Wappen durch die Kette des Ordens vom Goldenen Vlies.