Con las capillas, la familia imperial de los Habsburgo se aseguró un monumento para la eternidad: ninguna de las capillas imperiales fue concebida como lugar de enterramiento y ni un solo miembro de la familia fue enterrado aquí. Con su rico diseño, simbolizan el poder de la Casa de Habsburgo.
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Maximiliano I de Habsburgo
Además de las tres ventanas principales del coro, el emperador del Sacro Imperio Romano Germánico Maximiliano I († 1519) donó las dos capillas centrales. Estas no se consagraron hasta 1572, muchos años después de su muerte.
Las rejas
Las rejas de ambas capillas imperiales son casi idénticas: muestran el año de su consagración en la parte superior y el escudo imperial portado por grifos sobre la entrada.
Las ventanas
La Capilla Imperial Sur está dedicada a los nietos de Maximiliano, que aparecen en las ventanas.
A la izquierda, el emperador Carlos V († 1558), acompañado del escudo del Sacro Imperio Romano con el águila bicéfala coronada, arrodillado ante el apóstol Santiago el Mayor, quien es patrón de España.
En la ventana de la derecha, el rey Fernando I († 1564), que más tarde fue coronado emperador, aparece delante de San Leopoldo, que es patrón de Austria.
Los epitafios renacentistas
Los dos epitafios renacentistas de la pared derecha pertenecen a la decoración posterior de la capilla.
La placa conmemorativa inferior fue donada por Barbara von Lichtenfels para sus dos maridos Wilhelm Stürzel († 1559) y Christoph von Bernhausen († 1563). El Cristo resucitado en una gloriole triunfa sobre la muerte. Los escudos de armas de las familias figuran junto a la inscripción, coronada por una calavera.
El epitafio, profusamente decorado, conmemora al sacerdote de la catedral, profesor universitario y más tarde vicario general del cabildo de la catedral de Basilea, Georg Hänlin († 1612). El marco renacentista, ricamente decorado con elementos arquitectónicos y ornamentos dorados, enmarca dos pinturas. La pintura grande representa el descenso de Cristo a los infiernos, la pequeña la resurrección. La lápida de la tumba de Hänlin se encuentra en la pared izquierda de la ventana.
El altar neogótico
El altar neogótico de María Inmaculada (1875) es obra del taller de Franz Xaver Marmon.
Hermann von Vicari
La estatua central del arzobispo de Friburgo Hermann von Vicari († 1868, enterrado en la nave norte), creada por el escultor de Friburgo Julius Seitz, no se trasladó a la Capilla Imperial hasta 1936.