Con le cappelle, la famiglia imperiale degli Asburgo si è assicurata un monumento per l'eternità: Nessuna delle due cappelle imperiali era destinata a luogo di sepoltura; nessun membro della famiglia è stato sepolto qui. Con le sue ricche decorazioni rappresentano il potere della casa imperiale degli Asburgo.
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Massimiliano I d'Asburgo
L'imperatore del Sacro Romano Impero Massimiliano I († 1519) donò le due cappelle centrali e le tre finestre alte del coro, che furono consacrate solo nel 1572, molti anni dopo la sua morte.
Le grate
Le grate di entrambe le cappelle imperiali sono quasi identiche: riportano l'anno di consacrazione in alto e lo stemma imperiale sostenuto da grifoni sopra l'ingresso.
Le finestre
La cappella imperiale meridionale è dedicata ai nipoti di Massimiliano, raffigurati nelle finestre, realizzate nel 1526-30 e pesantemente ridipinte nel 1872.
A sinistra, l'imperatore Carlo V († 1558), accompagnato dallo stemma del Sacro Romano Impero con l'aquila bicipite coronata, si inginocchia davanti all'apostolo Giacomo, patrono della Spagna.
Nella finestra di destra, il re Ferdinando I († 1564), poi incoronato imperatore, si vede davanti a San Leopoldo, patrono dell'Austria.
Epitaffi rinascimentali
I due epitaffi rinascimentali sulla parete destra appartengono alla decorazione successiva della cappella.
La lapide inferiore è stata donata da Barbara von Lichtenfels per i suoi due mariti Wilhelm Stürzel († 1559) e Christoph von Bernhausen († 1563). Il Cristo risorto in una gloriola trionfa sulla morte. Gli stemmi delle famiglie sono raffigurati accanto all'iscrizione, coronata da un teschio.
L'epitaffio, riccamente decorato, ricorda il sacerdote della cattedrale, professore universitario e poi vicario generale del capitolo della cattedrale di Basilea, Georg Hänlin († 1612). La cornice rinascimentale, riccamente decorata con elementi architettonici e ornamenti dorati, incornicia due dipinti. Il grande dipinto raffigura la discesa agli inferi di Cristo, quello più piccolo la resurrezione. La lastra tombale di Hänlin si trova sulla parete sinistra della finestra.
L'altare neogotico
L'altare neogotico di Maria Immacolata (1875) proviene dalla bottega di Franz Xaver Marmon.
Hermann von Vicari
La statua centrale dell'arcivescovo di Friburgo Hermann von Vicari († 1868, sepolto nella navata nord), realizzata dallo scultore friburghese Julius Seitz, fu spostata nella Cappella Imperiale solo nel 1936.